心脑舒通胶囊的禁忌有血液低黏症患者或脑出血尚未痊愈者等，此外，孕妇和哺乳期女性也不能使用。心脑舒通胶囊是用于治疗中风、半身不遂、动脉粥样硬化等疾病的药物，患者需要谨遵医嘱服药 。
心脑舒通胶囊有活血化瘀、舒利血脉的作用，如果是脑出血尚未痊愈的患者服用，可能会造成脑出血症状的加剧，不利于病情的恢复，甚至可能造成危险。同时心脑舒通胶囊会抑制血液里的血小板聚集，减低纤维蛋白的含量和等离子体的黏度，所以血液低黏症患者服用时，会对血液低黏症的治疗起到负面效果。孕妇和哺乳期女性也不能使用心脑舒通胶囊，否则药物会通过母体进入胎儿体内或通过母乳影响到婴幼儿，而婴幼儿的胃肠系统、免疫系统发育都不完善，对药物的耐受性低，而且药物副作用也会大于成人，严重危害胎儿、婴幼儿的身体健康。