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1出现肛瘘要及时治疗。药物治疗是很重要的方面，比如使用消肿止痛洗剂坐浴或者外涂金黄膏进行治疗。如果在急性发作期可以使用抗生素进行治疗，要注意抗生素治疗一般是在一周之内的。
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2另外可以使用中药治疗，比如萆薢渗湿汤加化毒除湿汤加减，内服之后会起到较好的疗效。除此之外手术治疗也是重要的方面，比如对于肛瘘发作期合并感染的患者可以切开引流治疗。
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3此外，对于一些患者的高位瘘或多瘘管的复杂瘘症状，可以使用置管或挂线引流治疗，用药物冲洗，可以控制病情。对于大多数低位肛瘘患者都是可以使用肛瘘切开术来进行治疗的。
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除此之外，还有许多其他的手术方式，比如瘘管剔除术，主灶切开支管旷置术，挂线术以及双向等压引流术等等。要注意根据患者具体症状来选择的。
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