测量肛温时要将体温计轻轻放入肛门2-3厘米。测量肛温之前，要让患者脱裤子至膝盖露出臀部，侧卧在床上，如果使用的温度计是水银的，需将温度计甩至35度以下，温度计前端涂石蜡油润滑后，一手拇指和中指轻轻分开肛门处，充分暴露肛门，另一只手将温度计轻轻插入肛门，大概2-3厘米的深度。如果遇到阻力，不可强行插入，可以稍微转动温度计，换个方向再轻轻插入，以免造成直肠黏膜损伤。5分钟后拔出体温计，读取数值，如果是电子体温计，测量30秒即可拔出。一般肛温的正常值在36.5-37.5℃之间，最接近人体核心温度。
肛门测量体温的方法操作起来较困难，并且操作过程中体温计容易被大便污染，所以多用于1岁以内的小孩或不合作的儿童，以及昏迷、休克的患者。另外，体温计插入肛门后，会刺激直肠产生便意，所以腹泻患者不建议用肛门测量体温，心脏病患者、艾滋病患者也不宜通过肛门测量体温。
