菠萝蛋白酶主要的害处，可能体现在用药的不良反应、禁忌证和配伍禁忌中。菠萝蛋白酶为菠萝汁中提取制备的一种蛋白水解酶，常见菠萝蛋白酶肠溶片，具有抗水肿和抗炎的作用，由于不良反应较小，因此临床应用较为广泛。
1、不良反应：外敷用药主要的不良反应表现为发热、局部刺痒感或烧灼感等皮肤症状，但一般症状较轻。此外，口服或静脉用药时，也可能出现恶心、呕吐、食欲不振、消化道溃疡等胃肠道症状，以及嗜睡、心率增快、女性月经量增多、鼻出血、痛经等症状。若患者对菠萝过敏，则使用菠萝蛋白酶时也可能出现荨麻疹、舌头发麻、喉咙发紧、哮喘等过敏反应；
2、禁忌证：消化道溃疡、严重肝肾疾病和血液凝固功能障碍、抗凝治疗等情况者，应禁用菠萝蛋白酶，对菠萝过敏者遵医嘱慎用。主要是由于菠萝蛋白酶能够溶解纤维蛋白、酪蛋白、血红蛋白或血凝块，可能会诱发出血倾向而加重病情。同时肝肾功能障碍者，无法充分代谢菠萝蛋白酶，也会加重肝肾负担；
3、配伍禁忌：磺胺嘧啶银可抑制菠萝蛋白酶的活性，二者合用无法起到治疗作用，还可能延误治疗而加重患者病情，因此不建议同时使用。此外，也不能与胃蛋白酶、多酶等药物联合用药，以免影响药物疗效，或加重不良反应。
