临床治愈和痊愈的区别在于疾病经过治疗后，被损害的组织和器官能否恢复到原来的结构。
临床治愈是指导致疾病的原因解除、各种自觉症状消失、各种检验值恢复正常、疾病的体征消失，虽然病人的组织、器官可能不能恢复到原来的结构，但是不会影响功能活动和日常生活。临床治愈代表在医院治疗的目的已经达到，可以达到出院标准，但并不完全等于疾病在病理上完全消失，亦不等于功能完全恢复，如严重肺结核、多发性肺脓肿等，症状完全消失后就算是临床治愈，但依旧存在有疾病的病理改变以及功能不全等。
临床痊愈是指导致疾病发生的各种因素，以及疾病发生时各种器官、组织的损害完全消除或得到控制，机体的功能、代谢活动完全恢复正常，被破坏的形态结构也得到了充分修复，一切症状、体征先后消失，机体的自身调节能力以及对外界环境的适应能力、社会行为能力，如劳动力，也完全恢复正常。
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